ماده موثره گیاهان دارویی به طور کلی به ۴ دسته اساسی تقسیم بندی می شود. این تقسیم بندی به قرار زیر است:
گلیکوزیدها : گروه بزرگی از مواده موثره گیاهان دارویی به گلیکوزیدها تعلق دارد. این مواد با داشتن ساختمان پیچیده شیمیایی در بسیاری ازگیاهان گلدار یافت می شود.از اثرات شفابخش این مواد در داروسازی استفاده فراوان می شود.
آلکالوئیدها : یکی دیگر از مواد موثر گیاهان دارویی آلکالوئیدها هستند. این ترکیبات ازت دار بر روی سیستم عصبی انسان تاثیرگذارند. نوع بازی این ترکیبات واکنش های قوی فیزیولوژیک ایجاد می کند. آلکالوئیدها خود به چند گروه تقسیم می شوند.
اسانس ها : این ماده موثره گیاهان دارویی که از آن ها با نام روغن های فرار نیز یاد می شود در سلول ها و بافت های متعدد گیاهان ذخیره می شوند. بر این اساس ممکن است اسانس های یک اندام گیاه نسبت به دیگری از کیفیت بالاتری برخوردار باشد.
سایر مواد : بر اساس این تقسیم بندی دیگر مواد موثره گیاهان دارویی در این دسته جای می گیرند. موادی نظیر ساپونین ها که به صورت محلول در آب هستند و ایجاد کف می کنند، تانن ها که پوست را نفوذناپذیر می کنند، موسیلاژها که با جذب آب متورم می شوند، مواد تلخ که سبب تحریک غدد گوارشی می شوند، فلاونوئیدها که اثر رطوبت بخشی دارند، گلوکینین ها که به انسولین گیاهی مشهورند و چندین ماده موثره دیگر.